Het MRI-apparaat ziet eruit als een tunnel. Deze is aan beide kanten open en dit blijft zo tijdens het onderzoek. De doorsnede van de tunnel is ongeveer 70 cm. De MBB’er vraagt u op de onderzoekstafel te gaan liggen. De tafel wordt daarna in de tunnel geschoven. Het te scannen lichaamsdeel komt in het midden van de tunnel te liggen. Voor sommige MRI-onderzoeken is een extra antenne nodig. Deze antenne wordt om het lichaamsdeel geplaatst dat wordt onderzocht.
Voor sommige MRI-onderzoeken van het hoofd, de nek en schouder komt u met het hoofd in het midden van de tunnel te liggen.
Voor onderzoeken van de voeten, enkels en knieën hoeft u niet met uw hoofd in de tunnel te liggen.
Voor onderzoeken van de bloedvaten in de buik en benen, wordt u een aantal keer door de tunnel heen en weer geschoven. Bij een MRI van de borsten komt u op de buik te liggen en gaat u met de voeten eerst naar binnen.